Arbetet med att harmonisera och förenkla livsmedelslagstiftningen inom hygienområdet och för den offentliga kontrollen pågick i flera år inom EU. I slutet av april 2004 antogs gemensamma hygien- och kontrollförordningar av EU:s jordbruksministrar och Europaparlamentet. Reglerna tillämpas från den 1 januari 2006.
Reglerna innebär bl.a. att hela livsmedelskedjan ”från jord till bord” omfattas, även primärproduktionen. Livsmedelsföretagarens ansvar och skyldigheter tydliggörs på ett helt annat sätt än tidigare. Krav ställs på de hygieniska förhållanden som ska råda (grundförutsättningar) och det arbetssätt (HACCP, riskanalys och kritiska styrpunkter) som ska användas för att konsumenterna ska få säkra livsmedel.
I den offentliga kontrollen fokuseras på kontroll av systemet, vilket innebär att myndigheterna ska göra en helhetsbedömning och granska företagens rutiner och kontrollsystem. Krav ställs också på att den offentliga kontrollen ska vara riskbaserad, effektiv, ändamålsenlig, likvärdig och opartisk.